黄克听了孙中山的演讲后，进一步理解了三民主义，对孙中山真诚与共产党人合作，进行反帝反封建的国民革命，表示拥护。

10月初，商团总团长陈廉伯纠集广东各县商团集中广州市区，举行广东省商团军成立大会，妄图与陈炯明里应外合，推翻广东革命政权。10月10日，彭湃、阮啸仙、周其鉴等带领广州第二届农民运动讲习所学生和广州几十个团体在广州第一公园举行集会，声讨帝国主义和封建军阀，  “警告一切反动派”。在会后游行示威时，游行示威的群众队伍遭到反动商团军的惨杀，商团军开枪扫射。工团军第二分队长黄驹等人被打死。一些队员被打伤或被抓走。双十惨案发生后，广州农民运动讲习所联同广州丁代会、新学生社等29个单位发表了《告全国国民》书，历数了反动商团的血腥暴行，向全国人民发出紧急呼吁：“打倒帝国主义，打倒军阀，打倒一切的卖国商人，全国同胞，起来响应啊”。广一州各革命团体纷纷要求广东革命政府消灭商团军，并表示“誓为政府后盾”。

在中国共产党人的积极推动下，孙中山感到有了广东广大工农民众可以依靠，同时也看到了时局的严重性和如果继续妥协退让的危害性，遂下令建立革命委员会，孙中山自任会长，特派许崇智、廖仲恺、汪精卫、蒋介石、陈友仁、谭平山6人为革命委员会全权委员，并命令该会用会长名义便宜行事，镇压反动商团叛乱。10月12日，孙中山先生令胡汉民将广州商团机关一律解散并缴械，并且令韶关警卫军及北伐军一部回师广州。任命苏联鲍罗廷为顾问，领导平定商团叛乱的斗争。革命委员会下设临时军事指挥部，谭平山、周恩来、陈延年、阮啸仙、杨匏安、刘尔崧等共产党员参加了临时指挥部的工作，发动和组织广州工人、市郊农民配合革命政府镇压商团叛乱。10月14日傍晚，广州的革命军队向商团发起了猛烈的进攻。中国共产党广州地方组织领导下的农团军和工团军共500多人，在周恩来、阮啸仙、刘尔崧等共产党人的直接指挥下，参加了镇压商团叛乱战斗，奉命攻击设于西瓜园的商团总部。

孙中山任会长的革命委员会统一指挥下，广东农民自卫军、工团军、黄埔军校学生军，以及桂、湘、豫、粤各军，分5路包围西关，经数小时激战，商团纷纷缴械。反动商团头目陈廉伯、陈恭受逃往香港，商团叛乱遂告平定，广州革命政府转危为安。17日，广州全市商店一律开业。商团叛乱的平定，给了帝国主义和封建买办势力以沉重的打击。

在平定商团叛乱的战斗中，黄克带领他的分队，随广东农民自卫军作为主攻部队，参加了攻打西瓜园的反动商团总部战斗，击毙商团军数百人，立下了卓著的战功。但是，在战斗中，有数十名农民自卫军、工团军战士壮烈牺牲，献出了生命。残酷的阶级斗争现实，使黄克认识到，要进行国民革命，要奋斗就一定有牺牲。