黄居仁为配合国民革命军迅速解决杨希闵、刘震寰叛军，进行了卓有成效的政治宣传工作，发动粤汉、广九、广三“三大铁路罢工委员会”，组织铁路工人和轮渡运输工人罢丁，以断绝敌人的交通，并切断敌人的电线、电话，使其首尾不能相应；在“不灭杨、刘，工运不兴”的口号下，同时宣布罢工。所有的火车头能开走的一律开出广州，离开滇桂军的防区，不能开走的一律把重要机件拆除，使之不能启动。杨希闵曾以10万元的重赏雇佣工人开车，但无一人应征。结果，滇桂军防区内的铁路运输全部中断，其部队无法按照预定计划集结。而广州革命政府的东征部队，一旦到达铁路沿线，铁路工人马上复工，为革命军运兵回师广州。

黄居仁还和黄克等共产党员发动各地农会，组织农民协助东征军回师广州平叛、广东革命政府东征军由潮汕回师广州所经过的地区，各级农民协会都发动和组织农民担任向导、运输等工作。广州邻近的番禺、南海、顺德、宝安、花县、清远等县及广州市郊的农民自卫军亦纷纷行动起来，骚扰杨希闵、刘震寰叛军的后方．中共广东区委陈延年、黄居仁等还通过省农民协会派出熟悉当地情形的得力干部参加大元帅府参谋团，担任侦察工作。黄居仁和共青团广东区委的郭寿华化装成为市民，带领沙面青年工社社员到广州西关一带滇、桂军的驻地侦察叛军的驻防情况。6月10日，奉命回师广州平叛的革命军队沿途击溃叛军的防线，抵达广州外围。6月12日拂晓，大元帅府下达了总攻击命令。各路回师广州参加平叛的革命军如猛虎下山，与敌军展开激烈战斗。集结于广州河南的市郊及邻县数千农民自卫军，在共产党员赵自选的指挥下，乘雾过江，包围叛军，发动攻击，拔下滇军这一重要据点。由于军民配合作战，经过一天的战斗，滇、桂杨希闵、刘震寰叛军被平定，广州的局势再度转危为安。

平定杨希闵、刘震寰叛军，沉重地打击了广东的反动势力，使广州革命政权得到初步的稳定，为以广州为中心的广东革命根据地的统一创造了有利的条件。1925年6月13日，中共广东区委发表了《中国共产党对于广东时局宣言》，呼吁广州国民政府进行“新的改革，在广东开一新纪元”，并号召广州人民群众为革命政府的后盾，支持国民政府的改革。7月1日，中华民国国民政府在广州第一公园举行成立大会，国民政府委黄克传员宣誓就职。在广东境内实行军政统一、民政统一、财政统一、军需独立及军队须受政治训练等制度的条件日臻成熟。黄居仁在共青团中央的报告中总结说：  “杨、刘之火，实在我们宣传之力甚多！”