嗣后，广东革命政府由大元帅府改组为国民政府，黄埔军校编练的军队及粤军、湘军、滇军等编为国民革命军第一至五军。在国民革命军东征军回师广州平乱，粤军总司令许崇智为权宜之计，将潮州、梅州、惠州所属各县“借让”给陈炯明军驻防。他委任陈军第六军军长、惠州守将杨坤如为粤军第五军军长，让他重返惠州；陈炯明军第五军军长熊略，为粤军第六军军长，令其入驻梅县；划汕头为不驻兵区，除留下少数部队外，其余撤回广州。许崇智离汕头时布告各方：  “本总司令为巩粤局，决以潮梅收入交现驻闽赣边境林（虎）、洪（兆麟）、叶（举）各粤军，以彼此合作为条件，各蠲成见，共舒粤难，……决自铣日（16日）起实行。”这如养虎贻患，立见祸害。如熊略到梅县后，立即废弃许崇智所委第六军番号，沿用陈炯明军第二军的名义，并称“我军凯旋”，梅县下属各地顿时惊恐不安。杨坤如一回到惠州，即赶走倒向革命军的骆凤翔，重占惠州城。接着，刘志陆、黄任寰、王定华、李易标等等也纷纷开回东江，人据兴宁、五华等地。与此同时，省港大罢工爆发。港英当局采取“以华制华”的手段，收买各地封建军阀，使之破坏罢工，陈炯明军队也借此机会兴风作浪。陈炯明军队窜回东江后，胡作非为，肆无忌惮地到处捣毁各地农民协会，进攻农民自卫军。仅海丰一地，农民协会干部被杀52人，遭难死亡的农民群众有100多人。此外，陈炯明还接受了香港和北方及邻省军阀的大批饷械，策划进攻广州。给英帝国主义及其走狗运送粮食，四处摧残罢工机关，殴打罢工工人，强迫工人返回香港复工。9月间，陈炯明驱逐了许崇智留驻汕头的军队和机关，占据了汕头及其周围各县。接着，兵分三路，分别以谢文炳、黎生、林烈为指挥，入侵陆丰、海丰、紫金、老隆、河源等县，逼许崇智部退至平山、淡水一线。9月16日，陈炯明率部进犯广州，叫嚣着讨伐蒋介石和国民革命军。刘志陆、李易标、熊略、杨坤如等军阀，也发出通电，支持陈炯明。在“声讨蒋介石”的幌子下，诋毁国民政府和国民革命军，大造进攻广州的声势。陈炯明坐镇香港，指派刘志陆为总指挥，李易标为前敌指挥，谢文炳、王定华、林烈分别为左、中、右路指挥，约同南路邓本殷一致行动，企图一举进攻广州，将国民政府和国民革命军击溃。革命政府形势十分危险。

1925年9月28日，国民政府军事委员会决定第二次东征，任命蒋介石为东征军总司令，迅速出兵东征，讨伐陈炯明，具体战略部署为：一、东征军总指挥蒋中正（第一、第四两军为基干）出兵东江方面。二、北路方面：任命鲁涤平为北路警备司令，节制北路驻军，肃清附逆之川军。三、南路方面：第五军军长李福林率所属第八及第十二师（欠第三十四团）警卫河南，防堵广南之邓部。四、广州方面：任命第一军第二师师长王懋功，兼广州卫戍司令。率所属第二师（欠第四团）、警卫军之第一团及黄埔学生军，负广州警备之责。并以第三军军长朱培德为总预备队司令，待命出动。蒋介石根据这一总的征讨方略，具体制定了东征军之作战计划。计划规定了第二次东征的方针是：  “东征军以消灭东江叛军之目的，拟集中东征部队于正果，增城，石龙，石滩一带，向潮惠各属之敌进攻。”将东征部队分为3个纵队：第一纵队纵队长何应钦，第二纵队纵队长李济深，第三纵队纵队长程潜，规定了各纵队集中的日期及地点，并规定了作战地区与前进路线。同日，蒋介石以东征军总指挥名义发出了《准备出发令》，提出了这次东征分_二期出发：  “第一期为十月一日，第三师全部及第二师第四团团出发。第二期为十月五日，第一师全部及军部出发，第二师第五团第一、二营开驻省城警戒，第三营留驻守虎门。第三期为十月九日，其它各部队出发。”同时，对其他具体的17项问题都一一作了规定，如“出征时，每连带斧头三把，每兵带麻绳一丈”等等事项都作了明确指示。