到省委机关工作的主要任务是，在当时国民党广东省政府所在地战时省会韶关建立秘密联络站，掩护省委书记张文彬等省委领导同志开展工作。南金等同志找了一块地方，搭建了一个茅棚，办起了小印刷厂，在韶关有了新的落脚点。在那里，张文彬第一次见到魏南金，就与南金谈起来，他问了联络站周围环境情况，听了简单汇报，表示满意。张文彬说此次是到重庆、延安开会，路过韶关，顺便看一看。叮嘱要提高警惕，注意机关安全。后来魏南金又在韶关曲江县重阳圩“紫气东来”那间大屋里租了一个有套间的房子，作为省委另一个地下机关。省委秘书长王均予对南金说：你处只为张文彬服务，不接待其他领导。魏南金还在韶关火车站附近找到了一间木屋，作为省委的地下联络点。方方来韶关找张文彬研究工作，南金陪张文彬一起去火车站迎接。当时张文彬把一个重要任务交给魏南金，要求替他到桂林向八路军办事处汇报工作，并领取经费和文件，于是交代了联系方法和注意事项，还作了具体指示。到桂林汇报后，南金化装成一个小商人，把文件和经费都装在一个小皮箱里，带回韶关。接着张文彬又叫南金到梅县、兴宁找地下党，将经费、文件安全交给方方同志。时值春节，魏南金回到留关。张文彬看到他完成任务回来很高兴。不日，张要离开韶关到南委机关工作（ 1942年“南委事件”发生后，张文彬不幸被捕，1944年牺牲)，行前将魏南金的组织关系交给粤北省委书记李大林。

李大林分配魏南金到南雄担任中心县委书记。他和中心县委一班人，运用统一战线同国民党进行有理有利有节的斗争，挫败了国民党在南雄发起的第二次反共高潮。为了保存自己的力量，在巩固中求发展。省委交给南雄中心县委两个任务：一是想方设法保护省委机关和电台(在北山）以及瑶坑村交通站的安全；二是负责赣南特委（当时归粤北省委领导)与粤北省委联系，保护他们干部来往与交通的安全，由魏南金直接负责。魏南金都圆满完成了省委交给的任务。

1941年9月，南雄中心县委改为特派员制。魏南金任南雄特派员。1942年初，上级派陈中夫接任魏的职务，调魏任“后北特委”副书记兼组织部长。1942年5月27日粤北省委被叛徒、特务破坏，省委书记李大林、组织部长饶卫华被捕，中共南方局指示停止组织活动，党的负责人分散掩蔽。魏先到马坝水口小学，后到翁源县江镇小学任教，机智地避开了特务跟踪。