4月，涧洞乡民众抗日自卫协会成立，选刘春乾为会长，叶惠南为组织干事，刘波为宣传干事，大力进行出墙报、办民众夜校、演唱抗日歌曲、表演抗日剧等宣传。1940年春，中共龙川中心县委在叶惠南的老家涧洞乡黄洞瓦口举办党员学习班，以叶惠南为班主任。中共龙川中心县委书记陈祥、组织部长蓝奋才、宣传部长黄慈宽讲授课程。

4月，叶惠南被选为涧洞乡乡长兼涧洞乡中心小学校长，1942 年夏，因粤北省委被破坏，暂停党的活动。

1942年下半年，叶惠南到梅县南华学院学习三个月。由于日军进攻丰顺，学院停课，他返涧洞再被选为校长。1945年春，按中央后东特委指示，特委钟俊贤委托余进文同叶惠南联系，恢复党的活动。叶惠南将后东特委出版的《星火报》在老隆、佗城张贴散发，为特委筹集资金购买电台，掩护武装人员往来，为经济困难同志筹款。

1945年8月，叶惠南与龙川同志同庆抗日战争获得伟大性利，并继续从事教育和党的工作。由于他接待来往的同志较多，引起国民党龙川县政府一些人的注意与监视，1946年夏，叶惠南接上级通知转移到香港。

1947年夏，中共中央香港分局决定在华南敌后开展武装斗争。以严尚民为领导人的中共九连山区工委成立。接着，在河东(即五华、龙川、河源、紫金等县的东江河以东地区)建立了以钟俊贤为领导人的中共河东分工委，领导河东人民开展武装斗争。8月，为了适应武装部队的发展，河东分工委决定创办河东游击区千部训练班，派刚由香港回来的叶惠南为该班党支部书记兼班主任。叶惠南肩挑重任，兢兢业业，努力办好该班，先后请钟俊贤、黄中强、王彪、张日和、魏灵基等同志讲课，前后办了四期，培养了三百多名干部，输送到各县工作。紫金县学员赖光在训练班参党，后任青澳队副指导员。在国民党保安第十三团进攻时，他率领连队英勇作战，壮烈牺牲。由此可见，该班培训干部是起了一定作用的。