在这种情况下，身为黄埔军校和东征军政治部主任的共产党人周恩来同中共广东区委负责人陈延年、刘尔崧、阮啸仙、黄居仁等主张共产党员不再同蒋介石合作，而同国民党左派合作，另组革命军队。但是，共产国际和联共(布)仍认为蒋介石是左派，指示中共中央，“共产党 不应要求必须由自己的党员担任国家和军队的领导职位”。中共中央因此不同意周恩来等人的意见，主张继续帮助蒋介石发展。后经过周恩来、陈延年等共产党人的努力，才以原大元帅府的铁甲车队为基础，于1925年11月成立以共产党员叶挺为团长的国民革命军第四军独立团。这个团的骨干是共产党员和共青团员，并且在团里建立了中国共产党的支部。这实际上是中国共产党直接领导的第一支正规的革命军队。

在黄埔军校内左右两派的分化日益明显，矛盾冲突不断加剧。孙文主义学会出版了《革命导报》等刊物和组织“青白剧社”公开与青年军人联合会对抗。孙文主义学会的成员常常借故向青年军人联合会挑衅，甚至殴打加入青年军人联合会的学生。两派斗争愈演愈烈。二次东征结束后，孙文主义学会作为一股反共势力已在社会上形成。黄居仁对此非常清楚，“以前他们的人数不过数百人(400人)度，自东征回来广州后，陡增2000人，因此他们有举行成立大会的示威游行运动大巡行的动机了。”黄居仁通过黄埔军校共青团员的关系，得到孙文主义学会的行动和阴谋诡计: 12月27日孙文主义学会200余成员在广州市二沙头魏邦平家召开筹备成立孙文主义学会大会的预备会议，其会议决议案除定29日举行成立孙文主义学会的大会和示威运动大巡行问题外，他们对于国民党第二次全国代表大会有四种决议: (一)凡国民党员不准加入其他的政党。(二)跨党党员应无选举权。(三)凡国民党员不能宣传其他主义。(四)以上3条由学会名义提出，中央秘书处提交全国代表大会，如果大会不接受，则用手枪对待反对人。

为了应对孙文主义学会反革命行动，中共广东省委和共青团广”州地委陈延年、刘尔崧、阮啸仙、黄居仁等负责人商量:“认为这是一个很大问题，绝对不能与他们妥协或让步，一定对他们取进攻的政策。这种进攻的政策，当然不象黄埔军校那班同志要拿我们的枪炮同他们打，乃是以退为进的政策。并且研究了5条具体策略:第一，要求孙文主义学会不能够在29日单独举行示威游行活动，要按照以前的约定，在元且节共同举行示威游行活动。