一热郸贤在中外反动派的疯狂进攻面前,广州的革命起义武装虽然经浴血奋战,但终因敌我力量悬殊,被迫于12月13日撤离广州市区。起义主要武装撤出时,黄居仁按照命令，率一部分工人赤卫队员担任殿后掩护，敌人进入广州市区后,黄居仁立即命令工人赤卫队员分散隐蔽,由于赤卫队员大多数为广州市区工人，着便装,隐藏武器后,敌人则无法辨认,黄居仁着便装，将武器保存好以后,即隐蔽起来。参加广州武装起义的革命武装撤出广州后,一部分在花县整编为工农革军命军第4师,在师长叶镛、党代表袁裕(袁国平)的率领下，开进海丰、陆丰地区与第2师会合,坚持革命斗争。另一部分武装人员突围到广西的左、右江地区,领导农民开展游击战争。还有一部分武装人员转移到韶关附近，参加了朱德、陈毅率领的南昌起义部队，后来上井冈山，与毛泽东领导的工农革命军会师。

黄居仁在广州市区隐蔽,进行秘密工作3天后,接到广东省委要求到香港列席省委会议的通知,于16日化装离开广州到香港。21日在香港列席了中共广东省委临时会议。会议“讨论了中央对广东目前工作之指导及广东目前具体工作”。会议以后,黄居仁根据省委的安排,在香港负责接待广州起义失败后，零零星星转移到香港的革命同志,并且根据省委的指示,安排他们转移到新的地方,投入新战斗,派交通员带他们到新的斗争岗位。

1928年1日至5日中共广东省委书记李立三在香港主持召开广东省委全体会议，黄居仁列席会议。会议通过了给中共中央的报告,会议讨论广州暴动问题,肯定了广州暴动的意义，总结了起义的经验教训,通过关于目前党的任务和工作方针问题、组织问题、职工暴动问题等决议。但是会议对当时革命形势作了错误估计,认为中国革命仍处于高潮,广东的海陆丰红色政权仍然存在,党在目前的任务仍然应是领导各地举行暴动,夺取全省的政权。计划以东江流域的中心城市惠州组织武装暴动,决定中共惠阳县委由省委直接领导。为加强中共惠阳县委的领导力量,派黄居仁赴惠阳担任县委书记,并派黄钊为省委巡视员，与黄居仁一起赴惠阳工作。