黄居仁牺牲的消息迅速传到设在香港的中共广东省委,省委进行了沉痛悼念。11月25日，中共广东省委召开第二次扩大会议，作出了《纪念死难诸烈士》的决议:“省委扩 大会议全体致敬于一年来为革命牺牲的先烈同志、红军将士及一般在豪绅资产阶级白色恐怖下被屠杀的贫苦工农群众，并决议继续他们奋斗，为他们复...大会议特别指出李源同志( 前省委书记、中央委员)，吴毅同志(前省委常委、广州市委书记) ...周文雍同志(前广州市委常委) ...杨善集同志(前琼崖特委书记) ..... 黄居仁同志(前惠阳县委书记) ...方达史同志(前广州市委秘书长)等，在革命战斗中牺牲，全党应当永远纪念他们的努.....扩大会议决议通告各级党部，在接此项通告之后，第一次会议中，应当由主席宣读通告,并提议全体同志起立默哀三分钟，致敬于革命先烈，并决议为完成他们的志愿奋斗!”

中华人民共和国成立后,党和人民政府追认黄居仁夫妻为革命烈士。1984年， 人民政府决定在龙川县城建立“黄居仁二纪念室”，陈列展览黄居仁生平革命事迹和著作等。

1988年，中共龙川县委、县人民政府决定对黄居仁故居进行维修，在其故居设立黄居仁纪念馆，同年11月25日，为纪念黄居仁烈士牺牲60周年，中共龙川县委、县人民政府隆重举行“黄居仁:纪念馆”揭幕典礼，缅怀黄居仁为中国人民解放事业所建立的不朽功绩。1996年， 中共河源市委、河源市人民政府决定，“ 黄居仁纪念馆”列为全市“爱国主义教育基地”。同时决定将黄居仁家乡的桥头小学易名为“居仁学校”。2004年，由共青团龙川县委联合有关部门，把居仁学校改造成三层的楼房结构新校舍，成为龙川纪念黄居仁烈士和对青少年进行革命传统教育的重要基地。

现在，每年清明节和“五.四”青年节，当地共青团组织和中小学都组织青年和学生到黄居仁旧居纪念馆进行革命传统教育，缅怀黄居仁烈士。